2006年7月,在泉州卫生学校机能教研室基础上组建了药学系，2016年实行二级学院管理，药学系更改为药学院。成立以来，药学院相继开设了药学、药品经营与管理、药品生产技术、药品质量与安全、中药学等5个专业。经国家示范骨干高职院校及省级示范性现代职业院校建设，取得了一系列的教学成果：有省级精品课程2门，省级精品在线开放课程2门，省级精品专业1个，省级示范专业3个，省级教学名师1名，省级专业带头人3名，省级优秀教学团队1个，校级优秀教科研团队1个，中央财政支持的高等职业教育实训基地1个，省财政支持的高等职业教育实训基地1个，福建省高职院校生产性实训基地1个，福建省教育改革试点项目1个，福建省高等职业教育教学改革综合试验项目1个。

目前，药学院设置有化学与药物化学、药物制剂技术、药物分析、药理学、药品经营管理、生物制药技术、中药学和实验实训8个教研室。至2019年3月，拥有专任教师48名，兼职教师15名，专职实验教师8名，专职辅导员6名。专任教师中有正高级职称3名，副高级职称7名，高级以上职称比例23%;有博士4名，硕士37名，硕士以上学历占85.4%。同时，学院加强人才柔性引进工作，聘请海内外专家学者组建药学院药理学专家工作室、食品药品检测专家工作室、药物分子研究专家工作室、中药学专家工作室。现驻站专家有7名，特聘客座教授2名。

药学院紧密联系行业企业，以校企共建为主要途径，引企入校、引资入校。2009年与东南医药集团下属东南医药连锁有限公司合作建立校内药房实训基地;创建生物医药研究室(安捷伦公司合作实验室);2013年福建太平洋制药有限公司捐赠制药设备建立校内制药设备维修与养护车间;拥有生物药物研究室、固体剂型、针剂生产的GMP(药品生产质量管理规范)车间、生物发酵制药车间、静脉用药配置中心、制药仿真软件应用实训室、营销沙盘实训室、天然药物药理实验室等实验实训室。校内实训室面积达12131㎡，拥有酶标仪、流失细胞仪、实时荧光定量PCR仪、液相质谱联用仪、气相质谱联用仪、液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、红外光谱仪、发酵罐等先进的实验设备。目前泉州本草馆、中药生活馆也相继在建设完善中。

药学院致力于人才培养模式的改革和优化，大力推进“校企合作，协同创新”模式下的学生技能比赛工作的开展，成果喜人。2013年至今，学院教师指导学生在高职组各项技能比赛中，共获国家级一等奖3个，二等奖5个，省级一等奖3 个，二等奖11个，三等奖13个。其中中药传统技能大赛中，获得了国赛一等奖3个，二等奖4个的骄人成绩。

截止2019年，药学院在校学生数1600名，药学院已为社会培养了专科层次毕业生3200余名，毕业生具有较强的岗位技能和综合能力，受到用人单位的欢迎和普遍好评。