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医学系开设护理、口腔医学技术、康复治疗技术、药学、医学生物技术专业。坚持“以服务为宗旨、以就业为导向”的办学理念，全面贯彻德、智、体、美、劳的教育方针，致力培养能在各级各类医院、康复医疗机构、义齿企业和生物制药企业的中从事卫生医疗、保健康复、医疗器械、药品生产及经营的高级技术技能型人才。
医学系高度重视教学质量，与蚌埠医科大学签订了联合培养协议，联合蚌医教学资源进行专业课程教学，实现授课团队共享，授课资源共享;建有医学实训中心，设有护理实训室、口腔实训室、康复治疗实训室、基础医学实训室，以优质的教学硬件保障学生校内实习实训的需要。
医学系注重学生实践能力培养，设有附属荆塗医院和蚌埠口腔医院，与上海瑞金医院、长征医院、闵行区中心医院、北京301医院、解放军902医院、蚌埠第一、二、三、四、五医院、蚌埠中医院、固镇、怀远、五河县级人民医院和上海速成、合肥一凡和卓越义齿企业等多家单位签订了实习就业协议，实行“学徒制”共同培养人才，完成实践教学任务，成绩优异者单位优先录用。
护理、口腔医学技术、康复治疗技术、药学、医学生物技术毕业生参加专升本、事业单位、公务员考试成绩优秀。
主院校地址：安徽省蚌埠市新马桥镇学苑路与惠农大道交叉口
