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药学院成立于2003年，坚持校“地方性、技能型、职业化、开放式”办学定位，以“培养学生就业核心竞争力和发展潜力”为目标，坚持特色办学、服务中药产业、推进教育教学改革、深化产教融合校企合作，培养药品生产、药品质量检测、药品销售等方面的高素质技术技能型人才。累计为社会输送10000多名人才，为服务区域经济发展和建设省技能型高水平大学而奋斗。
现专职教师中，教授5人、副教授16人，副主任药师7人，副研究员1人，高级双师13人、中级双师19人。现有省级教学团队7个，省级教学名师2人、省级专业带头人1人、省级教坛新秀3人、省级优秀教育工作者1名;省战略性新兴产业技术领军人才1人，市首届首席专家1人、拔尖人才2人，市首届学术和技术带头人6人、享受市政府特殊津贴3人。国内访问学者2人，全国技能大赛优秀指导老师2人。
获批省教育厅自然科学基金38项、44项质量工程项目，现已承担或参与国家中医药管理局中药标准化项目2项、全国第四次中药资源普查项目、安徽省科技重大专项2项、亳州市药业重大调研课题4项。获得省级教学成果一等奖2项、二等奖3项、三等奖6项，主编或参编教材19部，专利授权37项。
1个中央财政支持专业服务产业发展能力专业(中药学)
2个中央财政支持实训基地专业(药品生产技术、药品质量与安全)
5个安徽省特色示范专业(中药学、药学、药品生产技术、药品质量与安全、药品经营与管理)
2个高等职业教育创新发展行动计划项目(中药学骨干专业、中药制药综合实训基地)
2个中央财政支持实训基地(药品生产技术、药品质量与安全)
1个安徽省首批校企合作示范基地(中药学)
4个省级示范实验实训中心(中药炮制实训中心、中药制药实训中心、中药提取实训中心、GSP连锁药房综合实训中心)
1个省级开放实验实训中心(中药制药开放实验实训中心)
1个省级校企合作时间基地(中药鉴定与质量检测校企合作实践基地)
教授、副教授：21人
省级教学团队：7个
主院校地址：安徽省亳州市安徽省亳州市药都路1625号
