药学系始建于1987年，现开设有药学、生物制药技术、药品经营与管理和药品生产技术4个专业，建有药学教研室、生物医药教研室、药学服务教研室、实训实验教研室等四个教研室，承担着四大专业课程的教学、实习实训工作，同省立医院、省二人民医院、丽珠集团福州福兴医药有限公司、福建省福抗药业股份有限公司、福建海王福药制药有限公司、福州康泰生物科技有限公司、福建省食品药品质量检验研究院、厦门片仔癀宏仁医药有限公司、厦门文灶药店连锁有限公司、厦门九鼎药房有限公司、厦门健康八五医药连锁有限公司、福建新紫金医药有限公司、福建好安心大药房有限公司、等100多家企事业单位共建校企合作实践基地，为学生的专业实训、就业创造了良好条件，就业率均在98%以上，就业岗位主要面向医院调剂、药品生产、药品经营、药品服务、药品质量监控与管理、健康服务及社会药房等。

系部紧密围绕学院的“健康产业”办学定位，重点建设和发展生物医药专业群，药学专业获省教育厅“以奖代补”项目支持;生物制药技术专业为省级示范专业，拥有省级专业带头人、省级财政支持的实训基地，主持修订国家生物制药技术专业教学标准，获得省教学成果二等奖;药品经营与管理为省级示范专业，拥有省级专业带头人，主持修订国家药学服务专业教学标准;药品生产技术专业获省级精品专业。开设有“精英班”、“特训班”、“订单班”企业冠名班、二元制和退伍军人班。学生参加国家级、省级各类技能竞赛多次获得一等奖、二等奖、三等奖;每年选派学生赴台湾嘉南药理大学、元培科技大学深造;开展“医药商品购销员”和“药物检验工”技能鉴定，红十字现场救护员培训，双证书获取率100%。

药学系具有一支高学历高水平的双师素质教学团队。在专任教师中，高级职称6人，中级13人，具有博士学历学位的3人，硕士研究生学历学位的15人，双师素质教师14人，长期聘请医药行业、省(市)药检所及各级医院等的专家担任客座教授和兼职教师，兼职教师和外聘教师达80人，为福建省医药行业培养了近二万多名的高素质劳动者和技术技能型人才。近年来，药学系组建生物医药研发团队、药学服务团队和药物分析与检测研发团队 3个技术研发团队，开展技术成果转化、健康产品分析检测、技术培训和GSP认证指导等工作，主持或参与完成各级各类教科研课题84项;主编、副主编或参编全国高职药学类规划教材、校企合作教材达29本;组织建设“海洋生物制品福建省高校应用技术工程中心”和福建中草药研究所和生物医药分析检测中心，打造健康产业技术开发与服务的公共平台。

药学系是一个团结向上、朝气蓬勃、奋发有为的和谐集体。我们将继续坚持以提高教育教学质量和服务学生为核心， 以合作办学、合作育人、合作就业、合作发展为主线，加强系部内涵建设，秉承“教学-科研-产业”三位一体，在学院党委和领导班子的带领下，高效务实开创各项工作新局面，朝着建设高水平有特色的一流高职学院而努力奋斗!为健康产业做出更多、更大的贡献!