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医学系是学院的骨干系部，成立于2012年4月，其前身为创建于1958年的黄山卫生学校，有着60多年的医学教育办学历史。现有临床医学、药学和医学影像技术3个专业，在校生1400余人。
系部下设临床医学教研室、药学教研室、影像教研室和院门诊部。现有教职工37人，其中教授2人，副教授6人，中级职称16人;“双师”型教师22人，硕士8人;专业带头人5人，骨干教师8人;省级教学名师、课程思政教学名师各1人，是一支素质优良又极具活力的师资团队。
近5年来，医学系教师主编、参编了教育部“技能型紧缺人才培养培训工程教材”、“十三五规划教材”、省部级卫生职业院校规划教材20余部，承担了多项省级、市级和院级教科研项目，已完成和正在建设的省级教学研究项目、科研项目共32项。建有4000余平米的医学实训中心，完全能够满足学生的实验与实训操作，实验实训开出率100%。拥有省内外实习医院、药企等合作单位30余家。学生就业率均达到98.5%，在省内同类院校中名列前茅。
医学系坚持“立德树人、崇技强能”的办学宗旨，践行“德技双修，学以致用”的人才培养模式，以培养德智体美劳全面发展的高素质技能型人才为己任。利用黄山市地理区位优势，围绕“新安医学”的区域特色，进行专业建设和人才培养。多年来为安徽及江浙沪等地区输送和培养了数万名优秀的医学技术人才。
教职工：37人
专教硕士以上学位：8人
教授、副教授：8人
主院校地址：安徽省黄山市安徽省黄山市屯溪区学院路1号
