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制药工程学院成立于2009年3月，前身为质量安全系、制药与环境技术学院，2022年8月更名为制药工程学院，是学校成立较早的院系之一。
学院立足吉林省医药健康、石油化工等支柱产业，开设有药物制剂技术、化学制药技术、生物制药技术、中药制药、药品经营与管理、分析检验技术、化工安全技术、建筑消防技术、环境工程技术9个专业。建有制药技术、应急安全技术2个吉林省特色高水平专业群和1个国家示范专业。
学院现有35个育训共享型专业实训室，在满足校内学生实习实训的基础上，率先面向吉林大学、吉林师范大学、北华大学、吉林化工学院等11所省属本科院校师生及中油吉林石化公司新入职员工等开放实训资源，在全省范围内起到了良好的带动与示范效应。
学院拥有一支综合素质高、教学能力强的教师队伍，其中教授5人、副教授11人、讲师13人，全国石油和化工行业名教学师3人、吉林省长白山技能名师1人，双师素质教师比例80%以上;学院多次获得吉林省基层党组织和吉林市先进集体荣誉称号。
学院坚持立德树人、实践育人，培养出的学生职业能力强、综合素质高，多次代表吉林省参加全国高职院校技能大赛，取得优异成绩。学生就业方向广、前景好、薪资高、企业评价好，就业企业主要有中国石油吉林石化公司、北京生物制品研究所有限责任公司、浙江国邦药业有限责任公司、长春金赛药业股份有限责任公司、吉林省富锦建设工程有限公司等大中型企业。
双师素质教师占比：80%
教育部督学：16人
主院校地址：吉林省吉林市丰满区恒山西街（路）15号
东校区地址：丰满区宜山街（路）70号
