农业科学技术系是学院建院时以原国家级重点中专—南充农业学校为班底组建的。根据现代农业的发展趋势，目前开设有现代农业技术、园艺技术、畜牧兽医、宠物养护与训导、风景园林设计、食品营养与检测、绿色食品生产与检验等七个普通专科专业，与四川农业大学联合办学，开设了牧业高新技术与管理、园林两个应用型自考本科专业。毕业生可按5%的比例对口专升本进入西华师范大学学习。畜牧兽医专业为省级示范性高职院校立项建设专业和学院骨干专业，畜牧兽医教学团队被学院授予“优秀教学团队”;食品营养与检测专业是学院特色专业。

本系拥有一支教学实践经验丰富、具有“双师”素质的优秀师资队伍。现有教师46人，其中：国家级教学名师1人，四川科技扶贫在线专家库专家14人，四川省国家职业技能考评员17人，教授4人，副教授18人，具有硕士研究生学历的7人。

本系教学科研成果丰硕。近年来，立项省级教改项目1项，创建省级精品课程2门、省级精品资源共享课1门、省级精品在线开放课程1门、院级精品资源共享课程5门、优质核心课程2门;获得四川省信息化教学大赛二等奖1项、三等奖1项，获得2017年首届高校青年教师兽医临床教学基本功大赛奖1项;已主编或参编国家规划教材20余部、与企业合作编写工学结合教材2本;发表专业学术论文50余篇，其中北大中文核心期刊24篇;主持或参与省级课题5项、市级课题4项、院级课题10余项。

本系教学功能设施完善，实验实训条件优越。建有食品检测和饲料监测中心、动物医院、动物病理药理实验室、动物生化分析实验室、动物遗传繁育实验室、动物外科手术及解剖实验室、动物病理标本室、分析化学实验室、食品微生物实验室、植物栽培实验室、园林工程实验室等校内实验室11个。校企共建了川内第一家具有资质的“动物疫病检测中心”，建设有食品加工实训中心、特种经济动物养殖场、园林园艺实训基地和日光温室大棚等实训场4个，能完全满足各专业实习实训和考证的需求。本系与大北农集团重庆区、四川天兆畜牧科技有限公司、四川西充茂源生态农业有限责任公司、南充市广丰农业科技有限公司、南充农望农业开发有限公司、四川省南充紫薇园林绿化工程有限公司、南充华亿园林景观工程有限公司、四川川北凉粉饮食文化有限公司等多家企业签订了校企合作协议，建立了20余个校外实习实训和就业基地。

为了更好地服务于南充市现代农业建设和发展，为地方培养更多的技术技能型人才，学院联合南充市农牧业局、南充市农业科学院和部分国家级农业龙头企业成立了“南充现代农业产业学院”，并组建了院级科研平台—“现代农业发展研究中心”和两个系级科研平台—“现代畜牧业研究所”、“现代种植业研究所”。

从2011年开始，农业科学技术系与大北农集团重庆区和四川天兆畜牧科技有限公司实行冠名组班教学和定向培养，目前共开办了七届“大北农”班和“天兆”班。

为了适应行业、企业对人才的需求，校、行、企共同修订完善了专业人才培养方案，强化实践教学、技能训练和岗位锻炼，使学生既具备扎实的理论基础，又具有高超的专业技能。多年来，农业科学技术系毕业生供不应求，一次就业率始终保持在95%以上。