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动物医学系是青海畜牧兽医职业技术学院适应市场经济对人才的需求发生结构性大转换的前沿系别，近年来该系进一步扩大专业面，积极创建特色专业，现开设兽医专业、动物防疫与检疫专业、宠物医学和农产品质量检测四个专业。其中动物防疫与检疫专业和兽医专业已建设成为省级重点专业，同时动物防疫与检疫专业曾被列入国家级示范院校建设中重点专业之一进行了建设。
该系在示范校建设中成功的探索出“学用结合、技能递进”的工学结合“季节性生产岗位轮训”人才培养模式，即：四、五学期根据课程实践教学的需要，安排每学期一个月的轮岗实习，在动物防疫、动物疾病诊疗、动物检疫检验等岗位进行轮岗，并进行毕业前半年以上的顶岗实习，通过技能的强化训练，使学生获得高级动物疫病防治员、高级动物检疫检验员等两个以上职业资格证书。第六学期在行业企业选择拟就业岗位方向进行顶岗实习，实现毕业与就业零距离的结合。
《动物检疫技术》和《动物性食品卫生检验》已被认定为教育部动物生产类专业教学指导委员精品课程，《动物解剖生理》、《动物普通病诊疗技术》、《动物侵袭病防控技术》及《动物病理分析》四门课程已建设成为省级精品课程，《动物药理与毒理》、《动物微生物基础》已建设成为院级精品课程，同时开发了《宠物普通病诊疗技术》等七门特色教材。
目前，该系专职教师30人，辅导员1名， 其中教授7人，副高以上职称13人。博士1名、研究生8名，在读研究生3名，省级教学名师2名。外聘兼职教师36名，专兼职教师比例达1：1.2，满足了职业教育中提高学生实践动手能力的需求。
该系现有动物生理解剖实训室、动物普通病诊疗实训室、动物外科实训室、动物病理分析实训室、动物寄生虫实训室、动物药理实训室、中兽医实训室、动物产品安全检验实训室、动物微生物实训室及动物传染病等10个课程实训室及一个实习病院，担负着专业课程的实验实习及教学任务。根据教学大纲，各课程实验室能准时按计划完成各项实验，开出率在95%以上。为了加强实践教学，提高学生的动手能力，加强横向联系，先后建立了兰州正大、新疆天康、天津酷爱宠物医院、兰州恒泰宠物医院、湟中县兽医站、西宁市检疫站及等31个校外实习基地，方便了我系学生的轮岗实习和顶岗实习，为提高学生的实践动手操作能力，培养出合格的高素质技能型人才夯实了基础。
近六年来，动物医学系每年组织学生，代表学院、青海省参加全国农业院校技能大赛中，连续几年在大赛中均取得了好成绩，为学院及青海省争得荣誉。同时，动物医学系也获厅、院级“先进党支部”、“先进集体”等多项荣誉称号。
校内专任教师：30人
专教硕士以上学位：9人
教授、副教授：20人
主院校地址：青海省西宁市湟源县西大街13号
西宁校区地址：西宁市城北区生物园区经二路60号
