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生物工程系是商丘职业技术学院成立时办学的教学系之一，其前身为1975年成立的商丘农学院农学系。历经商丘农学院农学系——商丘农业学校农学专业——商丘职业技术学院农学系等办学阶段。多年的建设与发展，积累了丰富的办学经验，取得了丰硕的教育教学成果，向社会输送了6000余名优秀毕业生，为河南乃至全国的农业发展、科技进步做出了突出贡献，目前已成为商丘职业技术学院实力雄厚、积淀深厚，优势突出、特色明显的教学系。
现设有专业：作物生产技术、现代农业技术、现代农业技术(无人机方向)、种子生产与经营、食品药品家督管理、食品生物技术。其中，作物生产技术专业为国家示范专业;种子生产与经营、食品生物技术是国家示范院校重点专业群。
现有专业教师30人，其中：教授7人，副教授12人，讲师11人，博士1人，硕士12人;享受国务院政府特殊津贴2人，省管优秀专家1人，省职业教育专家1人，省优秀教师2人，省教育厅学术技术带头人2人，市专业技术拔尖人才2人，学院教学名师3人、教学能手2人。还聘请行业企业的专家、技术能手30人为兼职教师。
校内建有植物生产实验实训中心、农产品质量检测实训中心、生物技术实验实训中心、应用化工实验实训中心和农业示范园，并与省内外28家企业建立了稳定的实习实训及就业基地。先进完善的实验实训设备和场所为学生生产实训、顶岗实习和就业提供了宽广的平台。
教师在教书育人的同时，积极开展科学研究与技术推广服务，取得了显著成绩。近年来，承担省市级教研、科研项目30余项;建设国家级专业教学资源库课程5门、省级精品课程2门、院级精品课程6门;获省级科技进步奖二等奖3项、市厅级成果奖18项;发表论文300余篇，出版教材、著作30余部。
生物工程系教学团队注重学生综合素质和实际工作能力的培养，强化教学环节管理，以服务为宗旨，以就业为导向，致力提高人才培养质量，为社会输送合格的高素质技能型人才，使毕业生就业率稳定保持在99%以上，专业对口率保持在85%以上。
校内专任教师：30人
校外兼职教师：30人
专教硕士以上学位：13人
教授、副教授：19人
国务院、省政府津贴专家：2人
主院校地址：河南省商丘市神火大道南段566号
