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临床医学系是乌兰察布医专的主要系部，目前开设有临床医学专业、预防医学专业、眼视光专业、医学影像技术专业。
医学影像专业采取“1+1+1”的人才培养模式，是乌兰察布医学高等专科学校同内蒙古自治区医院利用双方资源优势联合办学，第一个“1”是指第一学年的基础课程在校本部内进行，完成基础课的学习任务，夯实基础，教学和管理的主体是乌兰察布医学高等专科学校。第二个“1”是指第二学年的专业课教学，教学和管理的主体是内蒙古自治区医院，利用医院的师资力量和设施设备，完成专业课程的教学。第三个“1”是指第三学年的生产实习，结合就业，由学校推荐和学生自行联系实习医院，完成毕业实习任务。
预防医学专业采取与内蒙古疾控中心开展联合的“1.5+1.5”的人才培养模式，将前三学期设定为在校的前1.5，开设公共基础课程与专业基础课程，并且第三学期依托乌兰察布医学高等专科学校附属医院与乌兰察布市第四医院开展诊断学、临床医学概论、传染病三门课程的临床实习。后三学期设定为在企业的后1.5。第四第五学期学生前往合作办学单位(内蒙古疾控中心)，在疾控中心进行专业核心课程和普通专业课程的学习，第六学期在疾控中心进行顶岗实习。
眼视光专业长期与各盟市朝聚眼科医院、北京宝岛眼镜公司有长期的顶岗实习合作。
临床医学专业共有校外实训基地23家，三甲以上医院有13家，为学生提供良好的实训条件。
主院校地址：内蒙古自治区乌兰察布市市集宁新区满达东街11号
