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农业工程学院的前身是南阳农业学校农学系。50年代，学校仅有蚕学、农学、园艺等专业，60-70年代，增加植保，气象等专业，80年代，学校从南召县迁回南阳，专业不断更新，开设蚕学、农学、园艺等专业，1995年设置农学系(开设农作、经作专业)，园蚕系(开设蚕学、园艺专业)，1999年合并成立农蚕园艺系。先后建立农场、气象站、桑园、蚕种厂、食用菌厂、花房等实验实习基地。2015年更名为农业科学系，随着规模的扩大，2020年更名为农业工程学院。
目前，开设园艺技术、园林技术、食品智能加工技术、现代农业技术、花卉生产与花艺、食品营养与健康、智慧健康养老服务与管理等10个高职专业。2017年，园艺技术专业列入河南省职业教育特色学校建设项目骨干专业，教育部《高等职业教育创新发展行动计划(2015-2018年)》骨干专业;2020年，食品智能加工技术专业入选河南省高等职业学校高水平专业建设。为深入产教融合，校企共建康养产业学院、月季产业学院、想念产业学院、丹霞学院。
师资队伍强大，教学效果显著。现有专职教师51名，特聘教授2人，教授3人，副教授17人;其中河南省职教专家2人，南阳市拔尖人才2人，市学术带头人10人，校级骨干教师15人，双师型教师42人。曾获全国智慧农业虚拟仿真创新设计大赛一等奖;河南省技能大赛奖10余项;南阳市市科技进步奖近20余项;国家发明专利11项;南阳市志愿者先进单位;开展科技助农培训达2000人次。
实验实训条件优越，现有国家级农业科技示范园一个，校内建有植物组织培养中心等10个实训室，两个实验田;校外基地30余个。其中，植物组织培养中心是河南省生物技术工程研究中心重点实验室、南阳市重点实验室。
主院校地址：河南省南阳市卧龙区雪枫路与北京路交叉口
卧龙校区地址：南阳市卧龙路338号
