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牧医工程学院的前身是始建于1958年的南阳农业学校兽医专业，1965年6月兽医专业更名为畜牧兽医专业，1987年，畜牧兽医专业划分为畜牧，兽医二个专业;1988年10月，在兽医专业基础上，创建了防检专业;1991年，学校将畜牧，兽医，防检三个专业合并，重新成立了畜牧兽医专业，下设畜牧兽医，畜牧，防检三个专业班。曾于1963，1964，1987年开设兽医专科(师资)班，1995年3月，畜牧兽医专业更名为畜牧兽医系，2015年6月经南阳市编办批准，改名为动物科学系，2020年9月学校将动物科学系改称牧医工程学院。现开设畜牧兽医，动物防疫与检疫，动物医学，宠物养护与驯导，畜禽智能化养殖等专业。先后建立兽医院(动物医院)，畜牧场，兽药厂，养鸡场，生物制剂中心，奶牛场，黄牛育肥场，疫病监测中心等实验实习基地。2013年9月，高职第一届学生在雪枫校区入学，2014年8月畜牧兽医系整体由卧龙校区搬入雪枫校区教学。
牧医工程学院师资力量雄厚，有专任教师44人。其中教授6人，副教授11人，讲师14人，助理讲师15人。博士2人，硕士35人，全国模范教师1人，中原学者1人，河南省特聘教授2人，省，市职业教育教学专家6人，享受省政府特殊津贴3人，河南省学术技术带头人1人，河南省教学名师1人，骨干教师2人，文明教师10人，师德标兵1人，南阳市科技功臣1人。
现有15个校内实训室，与牧原食品，南阳正大，大北农集团，温氏集团，武汉联合动物医院等30余家企业建立了长期合作关系，自1958年设立专业以来，已培养万名学生，毕业生素以“技能过硬，扎实肯干”而深受用人单位的欢迎，一直保持供不应求的良好态势，毕业生就业顺畅。
校内专任教师：44人
专教硕士以上学位：37人
教授、副教授：17人
主院校地址：河南省南阳市卧龙区雪枫路与北京路交叉口
卧龙校区地址：南阳市卧龙路338号
